Genomic/Transcriptomic Data  

Xavier Argout, Gaetan Droc, Olivier Fouet, Mathieu Rouard, Karine Labadie, Bénédicte Rhoné, Gaston Rey Loor & Claire Lanaud (2023) Pangenomic exploration of Theobroma cacao: New Insights into Gene Content Diversity and Selection During Domestication. bioRxiv preprint

SampleNameClone nameData typeRunExperimentBioSample
B_240B 240 [POU]genomicSRR21562213  NCBI ENASRX17564366SAMN30841383
B_97-61-B2B 97 61 /B-2 [BLZ]genomicSRR21562212  NCBI ENASRX17564367SAMN30841384
B97_EX1_C3B 97 Ex 1 /C-3 [BLZ]genomicSRR21562117  NCBI ENASRX17564462SAMN30841385
CACAO_2CACAO 2genomicSRR21562109  NCBI ENASRX17564470SAMN30841386
CatongoCATONGOgenomicSRR21562180  NCBI ENASRX17564399SAMN30841387
COL_10COL 10 [COL]genomicSRR21562168  NCBI ENASRX17564411SAMN30841388
CSUL_3C SUL 3genomicSRR21562101  NCBI ENASRX17564478SAMN30841389
CSUL_7C SUL 7genomicSRR21562088  NCBI ENASRX17564491SAMN30841390
EBC_10_401EBC 10 /S-401genomicSRR21562049  NCBI ENASRX17564530SAMN30841391
EBC_121_S1EBC 121 /S-1genomicSRR21562039  NCBI ENASRX17564540SAMN30841392
EBC_122EBC 122genomicSRR21562211  NCBI ENASRX17564368SAMN30841393
EBC_125_59EBC 125 /S-9genomicSRR21562200  NCBI ENASRX17564379SAMN30841394
EBC_126EBC 126genomicSRR21562189  NCBI ENASRX17564390SAMN30841395
EBC_133EBC 133genomicSRR21562152  NCBI ENASRX17564427SAMN30841396
EBC_135_1EBC 135 /S-1genomicSRR21562141  NCBI ENASRX17564438SAMN30841397
EBC_135_2EBC 135 /S-2genomicSRR21562076  NCBI ENASRX17564503SAMN30841398
EBC_142EBC 142genomicSRR21562057  NCBI ENASRX17564522SAMN30841399
EBC_147_S2EBC 147 /S-2genomicSRR21562068  NCBI ENASRX17564511SAMN30841400
EBC_148_S401EBC 148 /S-401genomicSRR21562127  NCBI ENASRX17564452SAMN30841401
EBC_148_S9EBC 148 /S-9genomicSRR21562118  NCBI ENASRX17564461SAMN30841402
EBC_251EBC 251genomicSRR21562116  NCBI ENASRX17564463SAMN30841403
EBC_29EBC 29genomicSRR21562115  NCBI ENASRX17564464SAMN30841404
EBC_30EBC 30genomicSRR21562114  NCBI ENASRX17564465SAMN30841405
EBC_38_S15EBC 38 /S-15genomicSRR21562113  NCBI ENASRX17564466SAMN30841406
EBC_48EBC 48genomicSRR21562176  NCBI ENASRX17564403SAMN30841407
EBC_5EBC 5genomicSRR21562175  NCBI ENASRX17564404SAMN30841408
EBC_6_401EBC 6 /S-401genomicSRR21562174  NCBI ENASRX17564405SAMN30841409
EBC_6_S10EBC 6 /S-10genomicSRR21562173  NCBI ENASRX17564406SAMN30841410
EBC_9_A2EBC 9 A2genomicSRR21562172  NCBI ENASRX17564407SAMN30841411
EBC_91EBC 91genomicSRR21562110  NCBI ENASRX17564469SAMN30841412
EET_103EET 103 [ECU]genomicSRR21562108  NCBI ENASRX17564471SAMN30841413
EET_416EET 416 [ECU]genomicSRR21562107  NCBI ENASRX17564472SAMN30841414
ELP_15ELP 15genomicSRR21562106  NCBI ENASRX17564473SAMN30841415
GU_134_BGU 134 /BgenomicSRR21562105  NCBI ENASRX17564474SAMN30841416
GU_278_AGU 278 /AgenomicSRR21562104  NCBI ENASRX17564475SAMN30841417
GUAY_1GUAY 1genomicSRR21562185  NCBI ENASRX17564394SAMN30841418
GUAY_2GUAY 2genomicSRR21562184  NCBI ENASRX17564395SAMN30841419
HE_4HE 4genomicSRR21562183  NCBI ENASRX17564396SAMN30841420
IMC_48IMC 48genomicSRR21562182  NCBI ENASRX17564397SAMN30841421
IMC_63IMC 63genomicSRR21562181  NCBI ENASRX17564398SAMN30841422
IMC_65IMC 65genomicSRR21562179  NCBI ENASRX17564400SAMN30841423
IMC_67IMC 67genomicSRR21562178  NCBI ENASRX17564401SAMN30841424
Kapawi_1Kapawi 1genomicSRR21562177  NCBI ENASRX17564402SAMN30841425
KER_6KER 6genomicSRR21562099  NCBI ENASRX17564480SAMN30841426
LAN_7LAN 7genomicSRR21562098  NCBI ENASRX17564481SAMN30841427
LCTEEN_122LCT EEN 122genomicSRR21562094  NCBI ENASRX17564485SAMN30841428
LCTEEN_163_ALCT EEN 163 /AgenomicSRR21562093  NCBI ENASRX17564486SAMN30841429
LCTEEN_188LCT EEN 188genomicSRR21562171  NCBI ENASRX17564408SAMN30841430
LCTEEN_189LCT EEN 189genomicSRR21562170  NCBI ENASRX17564409SAMN30841431
LCTEEN_193LCT EEN 193genomicSRR21562169  NCBI ENASRX17564410SAMN30841432
LCTEEN_195LCT EEN 195genomicSRR21562167  NCBI ENASRX17564412SAMN30841433
LCTEEN_201LCT EEN 201genomicSRR21562166  NCBI ENASRX17564413SAMN30841434
LCTEEN_212_S4LCT EEN 212 /S-4genomicSRR21562165  NCBI ENASRX17564414SAMN30841435
LCTEEN_215LCT EEN 215genomicSRR21562164  NCBI ENASRX17564415SAMN30841436
LCTEEN_218LCT EEN 218genomicSRR21562163  NCBI ENASRX17564416SAMN30841437
LCTEEN_220LCT EEN 220genomicSRR21562162  NCBI ENASRX17564417SAMN30841438
LCTEEN_221LCT EEN 221genomicSRR21562161  NCBI ENASRX17564418SAMN30841439
LCTEEN_227LCT EEN 227genomicSRR21562160  NCBI ENASRX17564419SAMN30841440
LCTEEN_246LCT EEN 246genomicSRR21562103  NCBI ENASRX17564476SAMN30841441
LCTEEN_249LCT EEN 249genomicSRR21562102  NCBI ENASRX17564477SAMN30841442
LCTEEN_255LCT EEN 255genomicSRR21562100  NCBI ENASRX17564479SAMN30841443
LCTEEN_261_S1LCT EEN 261 /S-1genomicSRR21562097  NCBI ENASRX17564482SAMN30841444
LCTEEN_267LCT EEN 267genomicSRR21562096  NCBI ENASRX17564483SAMN30841445
LCTEEN_30LCT EEN 30genomicSRR21562095  NCBI ENASRX17564484SAMN30841446
LCTEEN_31LCT EEN 31genomicSRR21562044  NCBI ENASRX17564535SAMN30841447
LCTEEN_312LCT EEN 312genomicSRR21562043  NCBI ENASRX17564536SAMN30841448
LCTEEN_325LCT EEN 325genomicSRR21562092  NCBI ENASRX17564487SAMN30841449
LCTEEN_332LCT EEN 332genomicSRR21562091  NCBI ENASRX17564488SAMN30841450
LCTEEN_333LCT EEN 333genomicSRR21562090  NCBI ENASRX17564489SAMN30841451
LCTEEN_334LCT EEN 334genomicSRR21562089  NCBI ENASRX17564490SAMN30841452
LCTEEN_36LCT EEN 36genomicSRR21562087  NCBI ENASRX17564492SAMN30841453
LCTEEN_362LCT EEN 362genomicSRR21562086  NCBI ENASRX17564493SAMN30841454
LCTEEN_368LCT EEN 368genomicSRR21562085  NCBI ENASRX17564494SAMN30841455
LCTEEN_37LCT EEN 37genomicSRR21562084  NCBI ENASRX17564495SAMN30841456
LCTEEN_372LCT EEN 372genomicSRR21562083  NCBI ENASRX17564496SAMN30841457
LCTEEN_403LCT EEN 403genomicSRR21562082  NCBI ENASRX17564497SAMN30841458
LCTEEN_411LCT EEN 411genomicSRR21562081  NCBI ENASRX17564498SAMN30841459
LCTEEN_413LCT EEN 413genomicSRR21562080  NCBI ENASRX17564499SAMN30841460
LCTEEN_414LCT EEN 414genomicSRR21562079  NCBI ENASRX17564500SAMN30841461
LCTEEN_415LCT EEN 415genomicSRR21562078  NCBI ENASRX17564501SAMN30841462
LCTEEN_57LCT EEN 57genomicSRR21562048  NCBI ENASRX17564531SAMN30841463
LCTEEN_63LCT EEN 63genomicSRR21562047  NCBI ENASRX17564532SAMN30841464
LCTEEN_66LCT EEN 66genomicSRR21562046  NCBI ENASRX17564533SAMN30841465
LCTEEN_68_S2LCT EEN 68 /S-2genomicSRR21562045  NCBI ENASRX17564534SAMN30841466
LCTEEN_81LCT EEN 81genomicSRR21562028  NCBI ENASRX17564551SAMN30841467
LCTEEN_82LCT EEN 82genomicSRR21562027  NCBI ENASRX17564552SAMN30841468
LCTEEN_85LCT EEN 85genomicSRR21562026  NCBI ENASRX17564553SAMN30841469
LCTEEN_86LCT EEN 86genomicSRR21562042  NCBI ENASRX17564537SAMN30841470
LCTEEN_90_S7LCT EEN 90 /S-7genomicSRR21562041  NCBI ENASRX17564538SAMN30841471
LCTEEN_91LCT EEN 91genomicSRR21562040  NCBI ENASRX17564539SAMN30841472
LIB_3LIB 3genomicSRR21562038  NCBI ENASRX17564541SAMN30841473
Mat1-6MATINA 1 /6genomicSRR21562037  NCBI ENASRX17564542SAMN30841474
MO_121MO 121genomicSRR21562036  NCBI ENASRX17564543SAMN30841475
MO_76MO 76genomicSRR21562035  NCBI ENASRX17564544SAMN30841476
MO_96MO 96genomicSRR21562034  NCBI ENASRX17564545SAMN30841477
NA_127NA 127genomicSRR21562033  NCBI ENASRX17564546SAMN30841478
NA_435NA 435genomicSRR21562032  NCBI ENASRX17564547SAMN30841479
NA_672NA 672genomicSRR21562031  NCBI ENASRX17564548SAMN30841480
NA_697NA 697genomicSRR21562030  NCBI ENASRX17564549SAMN30841481
Nank_3Nank 3genomicSRR21562029  NCBI ENASRX17564550SAMN30841482
Nank_5Nank 5genomicSRR21562210  NCBI ENASRX17564369SAMN30841483
NUPA_1NUPA 1genomicSRR21562209  NCBI ENASRX17564370SAMN30841484
NUPA_2NUPA 2genomicSRR21562208  NCBI ENASRX17564371SAMN30841485
PA_126PA 126 [PER]genomicSRR21562207  NCBI ENASRX17564372SAMN30841486
PA_191PA 191 [PER]genomicSRR21562206  NCBI ENASRX17564373SAMN30841487
PA_293PA 293 [PER]genomicSRR21562205  NCBI ENASRX17564374SAMN30841488
PA_296PA 296 [PER]genomicSRR21562204  NCBI ENASRX17564375SAMN30841489
PAL13_A1PAL13 A1genomicSRR21562203  NCBI ENASRX17564376SAMN30841490
PAL15_A1PAL15 A1genomicSRR21562202  NCBI ENASRX17564377SAMN30841491
PAL35_A5PAL35 A5genomicSRR21562201  NCBI ENASRX17564378SAMN30841492
PAL8_A1PAL8 A1genomicSRR21562199  NCBI ENASRX17564380SAMN30841493
PAL9_A2PAL9 A2genomicSRR21562198  NCBI ENASRX17564381SAMN30841494
Pang_10Pang 10genomicSRR21562197  NCBI ENASRX17564382SAMN30841495
Pang_11Pang 11genomicSRR21562196  NCBI ENASRX17564383SAMN30841496
Pang_12Pang 12genomicSRR21562195  NCBI ENASRX17564384SAMN30841497
Pang_15Pang 15genomicSRR21562194  NCBI ENASRX17564385SAMN30841498
Pang_16Pang 16genomicSRR21562193  NCBI ENASRX17564386SAMN30841499
Pang_18Pang 18genomicSRR21562192  NCBI ENASRX17564387SAMN30841500
Pang_21Pang 21genomicSRR21562191  NCBI ENASRX17564388SAMN30841501
Pang_24Pang 24genomicSRR21562190  NCBI ENASRX17564389SAMN30841502
Pang_6Pang 6genomicSRR21562188  NCBI ENASRX17564391SAMN30841503
Pang_9Pang 9genomicSRR21562187  NCBI ENASRX17564392SAMN30841504
PER_2PER 2genomicSRR21562186  NCBI ENASRX17564393SAMN30841505
RB_29RB 29 [BRA]genomicSRR21562159  NCBI ENASRX17564420SAMN30841506
RB_33_3RB 33 /3 [BRA]genomicSRR21562158  NCBI ENASRX17564421SAMN30841507
RB_37RB 37 [BRA]genomicSRR21562157  NCBI ENASRX17564422SAMN30841508
RB_41RB 41 [BRA]genomicSRR21562156  NCBI ENASRX17564423SAMN30841509
RB_43RB 43 [BRA]genomicSRR21562155  NCBI ENASRX17564424SAMN30841510
RB_46RB 46 [BRA]genomicSRR21562154  NCBI ENASRX17564425SAMN30841511
RB_48RB 48 [BRA]genomicSRR21562153  NCBI ENASRX17564426SAMN30841512
RB_49RB 49 [BRA]genomicSRR21562151  NCBI ENASRX17564428SAMN30841513
SA_16SA 16 [BRA]genomicSRR21562150  NCBI ENASRX17564429SAMN30841514
SCA_11SCA 11genomicSRR21562149  NCBI ENASRX17564430SAMN30841515
SCA_12SCA 12genomicSRR21562148  NCBI ENASRX17564431SAMN30841516
SCA_5SCA 5genomicSRR21562147  NCBI ENASRX17564432SAMN30841517
SCA_6SCA 6genomicSRR21562146  NCBI ENASRX17564433SAMN30841518
SHAI_001SHAI 001genomicSRR21562145  NCBI ENASRX17564434SAMN30841519
SHAI_004SHAI 004genomicSRR21562144  NCBI ENASRX17564435SAMN30841520
SHAM_2SHAM 2genomicSRR21562143  NCBI ENASRX17564436SAMN30841521
SHAM_4SHAM 4genomicSRR21562142  NCBI ENASRX17564437SAMN30841522
SJU_3SJU 3genomicSRR21562140  NCBI ENASRX17564439SAMN30841523
SNA_1001SNA 1001genomicSRR21562139  NCBI ENASRX17564440SAMN30841524
SNA_1003SNA 1003genomicSRR21562138  NCBI ENASRX17564441SAMN30841525
SNA_604SNA 604genomicSRR21562137  NCBI ENASRX17564442SAMN30841526
SP_1SP 1 [VEN]genomicSRR21562136  NCBI ENASRX17564443SAMN30841527
SP_10SP 10 [VEN]genomicSRR21562135  NCBI ENASRX17564444SAMN30841528
T_5T 5 [PER]genomicSRR21562134  NCBI ENASRX17564445SAMN30841529
T_bicolor_22347T BICOLORgenomicSRR21562121  NCBI ENASRX17564458SAMN30841568
T_grandiflora_2157T GRANDIFLORAgenomicSRR21562119  NCBI ENASRX17564460SAMN30841570
T_speciosa_4713T SPECIOSUMgenomicSRR21562120  NCBI ENASRX17564459SAMN30841569
TEO_2TEO 2genomicSRR21562133  NCBI ENASRX17564446SAMN30841530
TEO_3TEO 3genomicSRR21562132  NCBI ENASRX17564447SAMN30841531
Tiwi_35Tiwi 35genomicSRR21562077  NCBI ENASRX17564502SAMN30841532
Tiwi_36Tiwi 36genomicSRR21562072  NCBI ENASRX17564507SAMN30841533
Tiwi_4Tiwi 4genomicSRR21562073  NCBI ENASRX17564506SAMN30841534
Tiwi_52Tiwi 52genomicSRR21562074  NCBI ENASRX17564505SAMN30841535
Tiwi_57Tiwi 57genomicSRR21562075  NCBI ENASRX17564504SAMN30841536
Tiwi_58Tiwi 58genomicSRR21562051  NCBI ENASRX17564528SAMN30841537
Tiwi_59Tiwi 59genomicSRR21562052  NCBI ENASRX17564527SAMN30841538
Tiwi_61Tiwi 61genomicSRR21562053  NCBI ENASRX17564526SAMN30841539
Tiwi_66Tiwi 66genomicSRR21562054  NCBI ENASRX17564525SAMN30841540
Tiwi_67Tiwi 67genomicSRR21562055  NCBI ENASRX17564524SAMN30841541
Tiwi_70Tiwi 70genomicSRR21562056  NCBI ENASRX17564523SAMN30841542
Tiwi_71Tiwi 71genomicSRR21562058  NCBI ENASRX17564521SAMN30841543
Tiwi_73Tiwi 73genomicSRR21562059  NCBI ENASRX17564520SAMN30841544
Tiwi_74Tiwi 74genomicSRR21562060  NCBI ENASRX17564519SAMN30841545
Tiwi_75Tiwi 75genomicSRR21562061  NCBI ENASRX17564518SAMN30841546
Tiwi_76Tiwi 76genomicSRR21562062  NCBI ENASRX17564517SAMN30841547
VEN_20VEN 20 [FRA]genomicSRR21562063  NCBI ENASRX17564516SAMN30841548
VEN_4VEN 4 [FRA]genomicSRR21562064  NCBI ENASRX17564515SAMN30841549
WIN_1WIN 1genomicSRR21562065  NCBI ENASRX17564514SAMN30841550
WIN_2WIN 2genomicSRR21562066  NCBI ENASRX17564513SAMN30841551
Yacu_16Yacu 16genomicSRR21562067  NCBI ENASRX17564512SAMN30841552
Yacu_17Yacu 17genomicSRR21562069  NCBI ENASRX17564510SAMN30841553
YACU_19Yacu 19genomicSRR21562070  NCBI ENASRX17564509SAMN30841554
Yacu_3Yacu 3genomicSRR21562071  NCBI ENASRX17564508SAMN30841555
Yacu_5Yacu 5genomicSRR21562050  NCBI ENASRX17564529SAMN30841556
Yacu_9Yacu 9genomicSRR21562131  NCBI ENASRX17564448SAMN30841557
Zamo_1Zamo 1genomicSRR21562112  NCBI ENASRX17564467SAMN30841558
Zamo_11Zamo 11genomicSRR21562111  NCBI ENASRX17564468SAMN30841559
Zamo_12Zamo 12genomicSRR21562130  NCBI ENASRX17564449SAMN30841560
Zamo_14Zamo 14genomicSRR21562129  NCBI ENASRX17564450SAMN30841561
ZAMO_16Zamo 16genomicSRR21562128  NCBI ENASRX17564451SAMN30841562
ZAMO_3_19Zamo 3 19genomicSRR21562126  NCBI ENASRX17564453SAMN30841563
Zamo_4Zamo 4genomicSRR21562125  NCBI ENASRX17564454SAMN30841564
Zamo_6Zamo 6genomicSRR21562124  NCBI ENASRX17564455SAMN30841565
Zamo_8Zamo 8genomicSRR21562123  NCBI ENASRX17564456SAMN30841566
ZEAZEAgenomicSRR21562122  NCBI ENASRX17564457SAMN30841567