SNP Data  

Jocelyn De Wever, Helena Everaert, Frauke Coppieters, Hayley Rottiers, Koen Dewettinck, Steve Lefever & Kathy  Messens (2019) The development of a novel SNP genotyping assay for differentiating  cacao clones. Nature Scientific Reports

Sample IDPlant IDStationClone nameTcSNP1458TcSNP1439TcSNP1126TcSNP1111TcSNP1060TcSNP1041TcSNP994TcSNP891TcSNP878TcSNP872TcSNP860TcSNP751TcSNP606TcSNP602TcSNP591TcSNP577TcSNP448TcSNP413TcSNP372TcSNP364TcSNP230TcSNP226TcSNP193TcSNP174TcSNP151TcSNP144TcSNP139TcSNP786TcSNP852TcSNP1280TcSNP1331Tcm002s00644224Tcm002s29938429Tcm002s34015437Tcm003s12502217Tcm003s20315420Tcm003s05554949Tcm003s27807955Tcm006s26507164Tcm008s17168944Tcm009s28255143Tcm009s41415628
DEW19A_22AMAZ15/15CEFORTT  AMAZ 15 /15CCCCTTGGCTGGCCTTGGCGAATTAACTAACGCCTTAAGGAAGGACGGCCCCGGCCCGGGGGCCCCAAGGACCCAATTTTGGGG
DEW19A_6APA4CEFORTT  APA 4CCTTTTAACCGGCCCCGGCCGGTTAACCAACCCCTTAAGGAAGGAAGGCCCCGGCCGGGGAACCTTCCAAAACCAATTGGGGAA
DEW19A_45RUQ 137GBR207  COCA 3370 /5 [CHA]CCCTTTGGCCCGCTCTCGGGAGTTGGCCCCCGCCTTAAAGAAGGAAGGCTCCTTCCGGGGAACTTTCAGGCCTTCCTTTGGAAG
DEW19A_65RUQ 1718GBR207  CRIOLLO 11 [CRI]CCCCATGGTTCCTTCCGGGGGGTTAACCCCCCCGCCATAGAGCCCCAACCCCGTCCGGAAGGTTTTCCAAAACCAATTGGAAGG
DEW19A_64RUQ 1682GBR207  CRIOLLO 21 [CRI]CCTTTTAACTCCCTCCCGGGAGTTAACTAACCCGTTAAGGAGGGAAAGCTACGTCCGGGGGACTTCCAAGACCTCCTGTGAAAA
DEW19A_53RUQ 1599GBR207  EBC 148CGCCTTGGCCCGTTCTGGGGGGTTAACTAAGGCCCCAAGGAGCGACGGCCCCTTCCGGAGAACCTCCCAGACCCAATGTGGGGG
DEW19A_61RUQ 1640GBR207  EET 183 [ECU]GGCTTTAGCCCCTTCTCGCCAGTTAACTCCCGCCCCATAGAGCCACGGCTCCGTCCCGGGGACTCCCCAGACTTCATGTGGAAG
DEW19A_62RUQ 1630GBR207  EET 19 [ECU]CGCTATGGCCCCTTCTCGCCAAGTAACTCCCGCCCCATGGAGGGCCGGCTCCTTCCCGGGAATTTCCAGGCCTTCCTGTGGAAG
DEW19A_63RUQ 414GBR207  EET 95 [ECU]CGCTTTAGCCCCTTCTCGCCAGTTAACCCCCGCCCTATGGAAGGACGGCTCCGTCCCGGGGACTTCCCAGACCTCATGTGGAGG
DEW19A_27RUQ 1535GBR207  FSC 13CCCTATAGCTCGCTCTGGGGAGGTAGCCAACCCGCTATGGAGGGAAGGCCACGTCCCGAAAACCTCCAAAAACCCATGGGGAAG
DEW19A_29RUQ 813GBR207  GU 114 /PGGCCTTGGCCCCCCCCGGCCGGGGAACCCCCCCCTTAAGGGGGGAAGGTTAATTCCGGAAGGCCCCCCAACCCCAATTGGGGAA
DEW19A_32RUQ 190GBR207  GU 133 /CCGCCTTGGCCCCCCCCGGCCGGGGAACCACCCCCTTAAGGGGGGAAGGTTAATTCCGGAAGGCCCCCCAACCCCAATTGGGGAA
DEW19A_33RUQ 1370GBR207  GU 261 /PGGCCTTGGCCCCCCCCGGCCGGGGAACCACCCCCTTAAGGGGGGAAGGTTAATTCCGGAAGGCCCCCCAACCCCAATTGGGGAA
DEW19A_55RUQ 847GBR207  ICS 1CCTTAAAATTCCTTCCCGCGAGGTGGCTACCCCGCTATAAAGCGAAAGCCAATTCCGGAGGGTTTTAAAGACTTCATTGGAAAA
DEW19A_4ICS1CEFORTT  ICS 1CGCTTTGGCCCCCTCTGGCGAGGTAGCCCCCCGGCTTTAGAGCGACAGCTCCTTCCGGAAGATTTCAAAAACCCCATGGGAAAG
DEW19A_5ICS43CEFORTT  ICS 43CCCTATAGCTCCCTCCCGCCAGGTAGCTAACCCCCTAAAGGGCGACGGCTACGTCCGGGGGGCTTCCAAGACCTCATGTGAAAG
DEW19A_57RUQ 1144GBR207  ICS 95CCCTATGGCTCCCTCCCGCGAGGTAGCTCCCCCGCTATAAGGCGACAGCTACGTCCGGAGGATTTCCAAGACCTCATGTGAAAG
DEW19A_2IFC5[CIV]CEFORTT  IFC 5 [CIV]CCCTTTGGCTCCTTCCGGCCAGGTAACTACCCCGCTAAAGAAGGACGGCCACGGCCGGGGGGCCTCCAAGAACTCATGGGAAAG
DEW19A_44RUQ 862GBR207  IMC 103CCCCTTGGCCCGTTCCGGGGGGTTGGCCACCGCCCCATGGAGGGACGGCCCCTTCCGGAGAACTTCCCAGAACCAATGTGGAGG
DEW19A_21IMC53CEFORTT  IMC 53CCCCTTGGCTCCTTCTGGGGAGTTAGCCACGGCCCCATGGGGGGACGGCTCCTTCCGGAGAACTTCCCAGACCCCAGGTGGAGG
DEW19A_43RUQ 1617GBR207  IMC 60CGCCTTGGCTCCTTCTGGGGGGTTAGCTAACGCCCCAAGGAGCCACGGCCACTTCCCGAGAACCTCCCAGAACCAATGTGGAGG
DEW19A_11IMC67CEFORTT  IMC 67CGCCTTGGCCCGCCCCGGCGGGGTAACCACGGCCCTATGGAAGGACGGCTAAGTCCGGAGGACCCCCAAGAACTCATTTGGAAA
DEW19A_31RUQ 406GBR207  KER 3CCCCTTGGCCCCCCCCGGCCGGTTAACCCCCCCCTTAAGGGGGGAAGGTTCCTTCCGGAAGGCCCCCCGGCCCCAATTGGGGAA
DEW19A_30RUQ 408GBR207  KER 6CCCTTTGGCCCCCCCCGGCCGGTTAACCACCCCCTTAAGGGGGGAAGGCTAAGTCCGGAGGGCCTCCCAGACCCAATTGGGAAA
DEW19A_47RUQ 178GBR207  LCT EEN 163 /AGGCCTTGGCCCCTTTTCGGGAATTAGCCCCGGCCCCTTAGGGCGCCAATTAATTCCCCAGAATTCCAAGGCCTTCCGGTTGGGG
DEW19A_49RUQ 1452GBR207  LCT EEN 261 /S-4CGCTATAACCCCTTCTCGCGAGTTAACCACCGCCCTATGGAAGGACAGCTCCTTCCCGAGGACTTCCAAGACCTCATGTGGAAG
DEW19A_28RUQ 687GBR207  LCT EEN 302GGCCTTGGCCCCCTTTCCGGGGGTAACCCCGGGGCCTTGGGGCCCCAATTAATTCCCCGGAATTCCAAGGCCTTCCGGTTGGGG
DEW19A_1LCTEEN37/ACEFORTT  LCT EEN 37 /AGGCCATAGCCCCCTTTCGCGAGTTAACCCCCGCCCCATAGAGGGACAGTTAAGTCGCCGGAATTTCCAGGACCTCCTGTTGGGG
DEW19A_48RUQ 1562GBR207  LCT EEN 401GGCCTTGGCCCCCCTTCCCGAGTTAACCCCCCCCCCTTAGAGGGCCGGTTAATTCCCCAGAATTCCAAGGCCTTCCGGTTGAGG
DEW19A_52RUQ 1554GBR207  LCT EEN 412GGCCTTGGCTCCCCTTCGCGAATTGGCCCCCGCCCCATAGAACGCCAGTTCCTTCCCGAAAATTCCAAGGCCCTCCGGTTAAGG
DEW19A_8LCTEEN62/SCEFORTT  LCT EEN 62 /S-4CGCCTTGGTTCCCCCCGGCGGGTTAGCCACCGCCCCAAGGAGGGAAGGCTAATTCCGGAGGACTCCCCAGAACCCAGGTTGGAG
DEW19A_7MA12[BRA]CEFORTT  MA 12 [BRA]CCTTTTAGCTCCCTCCGGCGGGTTAACCAACCCCCTAAGGAGGGAAGGCCCCGTCCGGGGGACCTTCCAAAACCCATTGGGGAG
DEW19A_10MAN15/2[BRA]CEFORTT  MAN 15 /2 [BRA]CGCTTTAGCTCGCTCTGGCCAGGTAACTACCGCCCTAAGGAGCGACGGCTCCTTCCGGAGAACTTTCCAGAACCCATGTGGAAA
DEW19A_59RUQ 1566GBR207  MO 20GGCTATAGCTCCCTCTCGCGAATTGGCTCCCGCCCCAAAGAGGGACGGCTCCGTCGCGGGGATTCCAAGGCCTTCATTGGGGAG
DEW19A_20MO81CEFORTT  MO 81CGCCTTGGCCCCTTCCGGCCAGTTAATTCCCGCCTTAAGGGGGGACGGCTCCTTCCCGAAGACTTCCAAGAACTCCTGTGAAAG
DEW19A_24NA149CEFORTT  NA 149CCCCTTGGCCCCTTCCGGCCGGTTAACCAAGGCCCCAAGGAAGGAAGGCCCCTTCCGGGGGGCCTCCCAAAACCAATTGGGGAA
DEW19A_37RUQ 1504GBR207  NA 232GGCCTTGGCCCCTTCCGGCCGGTTAACCAAGGCCCCAAGGAAGGAAGGCCCCTTCCGGGGGGCCCCCCAGAACCAATTGGGGAA
DEW19A_36RUQ 1230GBR207  NA 26CGCCTTGGCTCGCTCCGGGGGGTTAACCACGGCCCTATGGAGCGAAGGCTACTTCCGGGGGACCTCCCGGAACCAATGTGGGAA
DEW19A_18NA32CEFORTT  NA 32CGCCTTGGCTCCCTCCGGGGGGTTAACCAAGGCCCTATGGAGCGAAGGCTACTTCCGGGGGGCCTCCCGGAACCAATTTGGGAA
DEW19A_19NA33CEFORTT  NA 33GGCCTTAGCCCGCTCTCGCCGGTTAACCACGGCGCCATGGGGGGACGGCTACGTCCCGAGGACCTCCCGGAACCCATGTGGGAG
DEW19A_38RUQ 1572GBR207  NA 399GGCCTTGGCCCCTTCCGGCGGGTTAACCACGGCCCCAAGGAGCGAAGGCCCCTTCCGGAGGACTCCCCAGAACCCATTGGGGAA
DEW19A_50RUQ 1547GBR207  NAPO 25 [CHA]GGCCTTGGCCCCTTTTCGGGGGTTAGCCCCGGCCCCTTAAGGCCCCAATTACTTCCCCGGAATTCCAAGGCCTTCCGGTTGAGG
DEW19A_15PA120[PER]CEFORTT  PA 120 [PER]GGCTTTGGCTCCCTCTGGCGAGGTAGCCCCCGCCCTAAGGAAGGACGGTTAAGTCGCGAGGGTTTCCAAGACCTCATGTTGGAG
DEW19A_34RUQ 1059GBR207  PA 121 [PER]CCCTTTGGCCCCTTCCGGCCGGTTAATTCCCGCCCTAAGGAAGGAAGGCCACGTCCCGAAGACTTCCAAAAACCCCTGTTAAAG
DEW19A_23PA127CEFORTT  PA 127 [PER]CCTTTTGGCCCCCTCCGGCCAAGGAATTCCCGCCCTAAGGAGGGAAGGCCACGGCCGGAAGACCTCAAGGAATTCAGGTTAAAA
DEW19A_35RUQ 1575GBR207  PA 13 [PER]GGCCTTAACCCCCTCCGGCCAGGTAACCCCCGCCCTAAGGAGGGCCGGCTCCGTCCCCAGGACTCCCCAGAATTCCGGTGAAAG
DEW19A_3PA137[PER]CEFORTT  PA 137 [PER]GGCCTTGGCCCCCTCCGGCCAGGTAATTCCCGCCCCAAGGAGGGACGGCTACGTCCCGAAGACTCCAAAAAACCCCTGTTAAAG
DEW19A_13PA156[PER]CEFORTT  PA 156 [PER]CCCTTTGGCCCCCCCCGGCCGGTTAATTCCCGCCTTAAGGAAGGAAGGCCACGGCCCCAAGACTTTCCAGAACCCAGGTGAAAA
DEW19A_14PA70[PER]CEFORTT  PA 70 [PER]CCCCTTGGCCCCCCCCGGCCGGTTAACTACCGCCTTAAGGAGGGAAGGCCAAGGCCCCAAGACCTCCAAAAACTCCTTTGAAAG
DEW19A_12PA88[PER]CEFORTT  PA 88 [PER]CGTTTTGGCCCCCTCCGGCCGGGTAACTACCGCCTTAAGGGGGGAAGGCTACTTCCCCAAGACCTCCAAGAATTCCTTGGAAAG
DEW19A_46RUQ 1458GBR207  POUND 12 /ACCCCTTGGCCCCCCTTCGCGAGTTAACTACCCCCCCAAGGAACGACGGCTCCGTCCGGAGGACTTCCAGGACCTCCTGTTGAAG
DEW19A_9POUND16/BCEFORTT  POUND 16 /BCGCCTTGGCCCGTTCCCGCGGGTTAGCCAACGCCCTAAGGGGCGACGGCCCCTTCCGGGGGGCCCCCCAGACCTAATGGGGGAG
DEW19A_54RUQ 134GBR207  RB 46 [BRA]GGCCTTGGTTCGCCTTGGCCAAGGAACCACCGGGCCAAGGAACCCCGGCTACTTCCGGGGAACCTTCCAAAACTCCGGTTAAAA
DEW19A_51RUQ 135GBR207  RB 47 [BRA]GGCCTTGGCTCGCCTTGGCCAAGGAACCCCGGGGCCAAGGAACCCCGGCCACTTCCGGAGAACTTTCCAAAATTCCGGTTAAAA
DEW19A_39RUQ 1686GBR207  SCA 11GGCCTTGGCCCGCTCTGGGGGGTTAACCAAGGCCCTATGGAGCGAAGGCCACGTCCGGGGGGCTTTCCGGAACCAATTTGGGAG
DEW19A_16SCA6CEFORTT  SCA 6GGCCTTGGCTCGCCTTCGGGAATTAGCCCCCGGGCCAAGGAAGGCCGGTTCCGGGGCCGGGATTCCAAGGCCTTCCTTTGGGGG
DEW19A_40RUQ 1064GBR207  SCA 9GGCCTTGGCCCGCTCTGGGGGGTTAACCAAGGCCCTATGGAGCGAAGGCCACGTCCGGGGGGCTTCCCGGAACCAATTTGGGAG
DEW19A_17SCA9CEFORTT  SCA 9GGCTATAGCTCCCTCTCGGGAATTGGCTCCCGCCCCAAAGAGGG--CTCCGGCGCGGGGATTCCAAGGCCTTCATTGGGGAG
DEW19A_25SIAL339CEFORTT  SIAL 339CGCTTTGGCCCCTTCCGGCGGGTTAACTACCGCCTTATGGAGGGACGGCTACGTCCGGAGGGCCTCCAAGAACCAATTGGAAAA
DEW19A_26RUQ 1325GBR207  SPEC 41 /6-18CCTTTTAACCGGCCCCGGCCGGTTAACCAACCCCTTAAGGAAGGAAGGCCCCGGCCGGGGAACCTTCCAAAACCAATTGGGGAA
DEW19A_60RUQ 1496GBR207  U 26 [PER]GGCCTTAGCCCCTTTTCGGGAATTGGCCCCGGGGCCTTGGAGCCCCGGTTAAGTCCCCGGAATTCCAAGGCCTTCCGGTTGAGG
DEW19A_41RUQ 1495GBR207  U 45 [PER]GGCCTTAACCCCCCTTCGGGAATTGGCCCCGGGGCCAAGGGGGGCCGGTTAAGGCCCCGGAATTCCAAGGCCTTCCGGTTGGGG
DEW19A_42RUQ 1488GBR207  U 70 [PER]GGCCTTAACCCCCCTTCGGG-TTGGCCCCGGGGCCAAGGGGGGCCGGTTAAGGCCCCGGAATTCCAAGGCCTTCCGGTTGGGG
DEW19A_58RUQ 1573GBR207  UF 613CCCTTTAGCTCCTTCTCGCCAGTTAACTACCCCGCTATGGAGGGACAGCTCCGTCCCGAGGACTTCCCAGACCTCATGTGGAAG
DEW19A_56RUQ 56GBR207  UF 676CGCTATAGCTCCCTCCCGCGAGGTAGCCACCCCGCTATAGAGCGACAGCTACGTCCGGAAGACTTCCAAGACCTCATGTGAAAG